如果想使生产抗体获得最佳效果，那么仔细地设计抗原多肽是很有必要的，在设计时，我们一定要保证的就是在免疫过程中，抗原不仅能够产生过度的免疫反应，还可以产生能与感兴趣的蛋白质相结合的抗体。
我们首要需要找出感兴趣的蛋白质的一些基本特征，特别是如果知道蛋白的结构会对选择抗体易于接触和识别的识别区域有很大的帮助。
一般来说的话比较理想的抗原识别区应该具备亲水性、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。这是因为在大多数的自然环境中，亲水区域倾向于集中在蛋白表面，而疏水区域常常被包裹在蛋白内部。同理，抗体只能与在蛋白表面发现的识别区域相互作用，而当这些识别区域有足够的结构易变形性而转移到抗体可接触的位置时，将会与抗体间有很高的亲和性。
我们说连续和不连续识别区的连续区域，一般是指由连续的氨基酸序列组成的识别区，这种识别区对于大多数的抗体来说，抗体对该区域都会有很好的亲和力，这就说明了该序列就不在蛋白质中。不连续的识别区域是代表有一定折叠的一段多肽序列，或是将两段分离开的多肽连在一起的抗体的识别区域。在某些情况下，针对这样不连续识别区域的抗体也能产生，只是用来免疫的抗原多肽必须具备与该不连续识别区域相似的二级结构，而序列的长度需要符合相关的要求。
