小分子最主要的特点是分子量较小，一般在1000 Da以下；并且结构性质差异较大，甚至还有部分小分子溶解度较差或者将易挥发，需要使用有机溶剂（例如DMSO等）促溶；这些特点给小分子检测相互作用带来很大的挑战。随着技术的不断革新，现在研究相互作用的技术有：平衡透析法、紫外可见吸收光谱、荧光光谱、电化学法等，将目前测定小分子与蛋白的体外相互作用（小分子亲和力检测）进行了分析和总结
1、基于表面等离子体共振（SPR）原理的小分子亲和力检测。表面等离子体共振 (Surface Plasmon Resonance)亲和力检测是一种基于光学的无标记检测技术，用于实时检测两个或多个分子之间的分子互作。SPR亲和力测定具有高通量、高灵活性、高灵敏度的特点，可以用于早期的药物研发以及临床前药物筛选。比如：筛选小分子药物或多肽（酶或抗体等）具有强大的优势能够快速、准确地筛选出候选药物分子为后续研究节省成本。
2、基于等温量热滴定仪（ITC）原理的小分子亲和力检测。等温量热滴定（Isothermal Titration Calorimetry）是一种量热分析技术，即用一种反应物滴定另一种反应物，随着加入滴定剂的数量的变化，测量反应体系温度的变化。 滴定一般在尽可能接近绝热的条件下进行，被滴定物可以是液体或悬浮的固体；滴定剂可以是液体或气体。温度变化是由滴定剂与被滴定物间的化学作用或物理作用（例如一种有机分子吸附于固体表面）引起的。在一次实验中可以测定结合的亲和力常数K，结合反应中的焓变、熵变，结合位点，也可以测定有多个结合位点的样品。
3、基于微量热泳动技术（MST）原理的小分子亲和力检测。微量热泳动技术(Microscale Thermophoresis)通过测量微观温度梯度场中的分子移动来分析生物分子间的相互作用。该技术能够测量出分子大小、电荷以及水化层变化引起的移动速度的改变，具有极高的灵敏度。
4、基于生物膜干涉技术（BLI）原理的小分子亲和力检测。生物膜干涉技术（Bio-Layer Interferometry）是一种无标记的、实时监测的光学检测技术，主要用于生物分子间相互作用的全方位定量分析以及蛋白浓度测定。BLI可实时监控整个分子间的结合过程，并计算出分子之间的亲和力(KD)、结合速率(ka)、解离速率(kd)等重要数据。BLI生物膜干涉技术它是一种光学分析技术，可以分析经两个表面反射的白光形成的干涉图谱：一个是生物传感器尖端上固定蛋白的表面层，另一个是内部参比层。
5、基于荧光偏振免疫分析法（fluorescencepolarization immunoassay，FPIA）原理的小分子亲和力检测。FPIA是一种定量免疫分析技术，其基本原理是荧光物质经单一平面的蓝偏振光（485nm）照射后，吸收光能跃入激发态，随后回复到基态，并发出单一平面的偏振荧光（525nm）。偏振荧光强弱程度与荧光分子的大小呈正相关，与其激发时的转动速度呈反相关。FPIA最适宜检测小至中等分子物质，常用于药物、激素的测定。
